Прямоугольное полотнище зеленого цвета с соотношением ширины к длине 2:3, в центре которого – тонкий просеченный ромб белого цвета; внутри ромба вздыбленный конь белого цвета с гривой и хвостом желтого цвета. В каждом из верхних углов полотнища проросшее семя желтого цвета, а в каждом из нижних углов – такое же опрокинутое семя.

Обоснование символики:
Флаг создан на основе герба района.
Янаульский район является «северными воротами» Республики Башкортостан. Его облик напоминает всю нашу республику с ее бескрайними хлебными полями, водными просторами и богатыми недрами.
Серебряный ромб на зеленом поле символизирует распахнутые ворота, означающие дружелюбие и гостеприимство янаульцев, их готовность жить в мире и согласии со всеми народами.
Серебряный вздыбленный конь с золотыми гривой и хвостом означают мощь и устремленность вперед. Янаульцы никогда не довольствуются достигнутым, каждое поколение стремится вписать новые яркие страницы в славную летопись района. Конь как ничто другое символизирует связь поколений, ибо он испокон веков является одним из основ жизненного уклада башкир и других народов, непременным атрибутом их быта. Конь также символизирует силу жизни, великодушие, мужество и трудолюбие.
По углам композиции золотые зерна, вписанные в тамгу башкирского рода Уран, символизируют преемственность поколений и являются символом богатства и знатности, традиционное занятие земледелием.
Зеленый цвет герба- это цвет изобилия, плодородия, цвет самой живой природы. Это и символ лесных богатств района, где всегда добывали пушнину, ценнейший мед, собирали ягоды и плоды, заготавливали древесину, сплавляя по реке Каме и ее притокам. Также зеленый цвет в гербе призывает сохранить природные богатства для будущих поколений.
Черный цвет оконечности олицетворяет богатство недр нефтью, открытие месторождений которой сыграло большую роль в становлении и развитии района.

Утвержден решением Совета муниципального района Янаульский район Республики Башкортостан (#78) от 13 июля 2006 года.