Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух равновеликих вертикальных полос: красного (у древка) и зеленого цвета, в центре которого – скачущий конь белого цвета.

Обоснование символики:
Флаг создан на основе герба района.
История и развитие Уфимского района тесно связана с возникновением города Уфы как города-крепости и становлением как столицы Республики Башкортостан. Особенностью района также является его географическое положение вокруг крупного экономического и политического центра республики.
Все это обусловило то, что территория района была центром крупных исторических событий. Жители района бережно хранят память о крестьянском восстании за волю и свободу под руководством Е.Пугачева, штаб которого находился в селе Чесноковка.
В гуще событий оказался район в годы гражданской войны.
Во время Великой Отечественной войны здесь формировалась легендарная 112-й Башкирская кавалерийская дивизия под командованием генерала М. Шаймуратова.
Поэтому центральной фигурой герба выбран скачущий белый конь – как народная память о прошлом и символ устремленности в будущее.
Красный цвет символизирует патриотизм, преданность Родине, свободу, благородство, а также кровь, пролитую за отечество.
Зеленый цвет поля герба – это символ жизни, вечности, изобилия, плодородия, покоя и мира.
Лазоревая оконечность герба с серебряными рыбами символизирует географическое положение района у слияния рек Белой, Уфы, Демы и Уршака, насыщенность его озерами и реками, богатыми рыбой.
Лазоревый цвет – символ совершенства, миролюбия и щедрости.

Утвержден решением Совета муниципального района Уфимский район Республики Башкортостан (#7) от 3 июля 2006 года.