Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух горизонтальных полос: верхней белого цвета шириной 7/10 ширины полотнища и нижней зеленого цвета; в центре белой полосы бегущая к древку куница натурального коричнево-бурого цвета.

Обоснование символики:
Флаг создан на основе герба города.
Уфа – столица Республики Башкортостан, основана в 1574 го¬ду как пограничная крепость на месте башкирского укрепления Туратау.
В 1740-х годах в обиход вошел герб Уфы: в серебряном поле бегущая по зеленой земле куница натурального (черного или коричнево-бурого) цвета. Этот герб восходит к самым первым территориальным эмблемам, известным российской истории, – к большой государственной печати 1577 года, на которой были помещены знаки основных, входящих в состав России территорий и, в частности, печать Югорская и печать Болгарская. В терминологии XVI века Югорской землей обтекаемо назывался весь Урал и Зауралье, а Болгарской землей – Прикамье и Среднее Левобережье Волги, то есть примерно те земли, которые сегодня занимает Башкортостан. Печать Болгарская представляла собой изображение некого среднего по размерам идущего зверя, печать Югорская – бегущую куницу. Именно на основании этих печатей и был составлен уфимский герб 1740-х годов, который получил утверждение 8 июня 1782 года.
Появление куницы в гербе Уфы исторически обосновано. Е. Зябловский в книге «Землеописание Российской империи для всех состояний» пишет: «Куница водится в разных местах, но лучше всего около Уфы». Уфимская крепость, основанная в 1574 году, была призвана защищать башкирские земли от набегов соседних ханств и одновременно служила центральным пунктом сбора подати. Мех куницы и соболя издавна ценился на Руси, и на основе договора с русским царем башкиры условились платить ясак мехом куницы.
Современный герб города Уфы создан на основе исторического герба. Центральной фигурой герба является куница натурального коричнево-бурого цвета в позе свободного бега. Приподнятая голова с вытянутой и красиво изогнутой шеей придают кунице уверенность и спокойствие. Вся ее фигура, горделивая поза, мех с позолотой олицетворяют богатство, гордость и достоинство.
Серебряный цвет поля герба – символ веры, чистосердечности и благородства.
Зеленый цвет оконечности герба символизирует изобилие, радость, свободу, покой и мир.

Утвержден решением Совета городского округа город Уфа Республики Башкортостан (#26/4) от 6 сентября 2007 года.