Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух горизонтальных полос: верхней синего цвета шириной 4/5 ширины полотнища и нижней желтого цвета; в центре синей полосы раскрытая книга белого цвета, поверх которой хлебный колос на длинном лиственном стебле желтого цвета.

Обоснование символики:
Флаг создан на основе герба района.
Основной фон герба – темно-синий, который символизирует красоту, величие, верность, доверие, а также развитие, движение вперед.
На этом фоне изображена раскрытая книга, которая символизирует исторический факт расположения в селе Стерлибашево знаменитого медресе. В нем обучались известные личности XVIII–XIX веков разных национальностей – духовные деятели, литераторы, ученые-просветители, преподаватели. В числе окончивших Стерлибашевского медресе Мифтахетдин Акмулла – поэт, философ, просветитель, призывающий башкир к знаниям.
На лазоревом поле – серебряная раскрытая книга с золотыми тамгами родов Юрматы, Тамьян и Бурзян, исконно проживающих на этих землях. Тамги в гербе не только дань памяти прошлому, но и символ бережного отношения к своим историческим корням, традиционной культуре, сохранения природных богатств.
В центре книги золотой колос, вырастающий из золотого поля оконечности, олицетворяющий жизнеутверждающую силу народа, благополучие, добытое трудом.
Золотой цвет оконечности – символ золотых полей района.

Утвержден решением Совета муниципального района Стерлибашевский район Республики Башкортостан (#9-4) от 17 июля 2006 года.