Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, состоящее из трех горизонтальных полос: верхней синего цвета, средней белого цвета (каждая шириной 1/5 ширины полотнища) и нижней зеленого цвета (зеленая полоса переходит в белую с башкирским орнаментом, подобным чередующимся росткам в три листа и малым остриям); в центре зеленой полосы бегущая к древку куница желтого цвета.

Обоснование символики:
Флаг создан на основе герба города.
Город Сибай расположен на стыке Европы и Азии, где восточное предгорье Южного Урала одним из красивейших хребтов – Ирендыком незаметно переходит в Зауральское плато.
Своим рождением город обязан природным богатствам края. На Урале люди с древнейших времен добывали медь. Это доказывают раскопки на месте древних городов Аркаим и Таналык. По легенде, начало городу положил простой охотник из деревни Старый Сибай: раскапывая нору куницы, он наткнулся на тяжелую красную глину с высоким содержанием меди, золота и серебра. На месте открытого им месторождения возник город Сибай.
Поэтому основной фигурой герба является золотая куница, бегущая по зеленому полю.
Цветок курая во главе герба – символ единства многонационального населения города.
Зеленое поле в виде силуэта гор обрамлено золотым национальным орнаментом «кускар» в знак расположения города на исконных башкирских землях. Включение в композицию герба силуэта гор показывает, что процветание Сибая связано с горно-добывающей промышленностью.
Использование в гербе трех цветов флага республики: синего, белого и зеленого – символически определяет место города Сибая как экономического и культурного центра Зауралья.
Лазоревый цвет означает ясность и чистоту помыслов.
Серебряный цвет – миролюбие, открытость, готовность к взаимному сотрудничеству.
Зеленый – цвет природы, весны, надежды, вечности жизни.

Утвержден решением Совета городского округа город Сибай Республики Башкортостан (#125) от 14 июля 2006 года.