Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух горизонтальных полос: верхней синего цвета шириной 4/5 ширины полотнища и нижней белого цвета; в центре синей полосы взлетающий сокол белого цвета.

Обоснование символики:
Флаг создан на основе герба района.
Центральной фигурой герба является серебряный взлетающий сокол. Самый древний и крупный род айлинских башкир, живущих и ныне на мечетлинской земле, называется «кошсо». «Кошсо» в переводе с башкирского языка означает «охотник с птицей». Основная часть населения района является потомками этого башкирского рода, и изображение сокола в гербе отражает историческое прошлое района и уважение к памяти предков. Одновременно сокол является геральдическим символом храбрости, ума и красоты.
Легенда гласит: «Давным-давно в этих краях жили великаны и звали их Алпамышами. Они семимильными шагами ходили по горам и долинам, перешагивали через реки, вырывали с корнями большие деревья. Один из таких великанов, проходя по берегам реки Ай, почистил сапоги от прилипшей грязи и образовались на том месте три горы». Эти горы, как ожерелье, охватывают реку. Возможно, поэтому народ назвал эти три горы Мунчуги-муйынса – ожерелье. Контуры трех холмов и серебряные нити, изображенные на гербе района, символизируют три горы Мунчуги и реку Ай.
Изображенное в верхней части герба стилизованное соцветие курая отражает единение, дружбу и согласие народов, проживающих в районе.
Голубой цвет поля герба символизирует красоту, величие, верность, доверие, безупречность, а также развитие, движение вперед и надежду.
Серебряный цвет – символ веры, искренности и благородства.

Утвержден решением Совета муниципального района Мечетлинский район Республики Башкортостан (#119) от 12 июля 2006 года.