Прямоугольное полотнище голубого цвета с соотношением ширины к длине 2:3, в центре которого незначительно смещенный к древку дуб со стволом желтого цвета и кроной белого цвета, и под ним идущий крылатый конь желтого цвета.

Обоснование символики:
Флаг создан на основе герба района.
Идея герба – показать возвышенность, благородство и духовное богатство кигинцев, красоту родного края.
Центральной фигурой герба является крылатый конь Акбузат, о котором в народе сложено много красивых легенд, – символ богатства края историческими и культурными традициями.
Золотой крылатый конь, готовый взмыть в небо, символизирует мечту жителей района о процветании родного края.
Могучий дуб с корнями символизирует силу, могущество, борьбу и победу, прочность народа, живущего на этой земле.
Пышная серебряная крона олицетворяет красоту природы района и богатство его лиственным лесом. Кроме того, территория района является северной и восточной границей ареала произрастания европейского дуба.
Особенности климата прохладного и умеренно влажного переданы через лазоревый цвет поля герба.
Золото – геральдический символ великодушия, достоинства и богатства.
Серебро – символ чистоты, невинности, миролюбия, открытости, готовности к взаимному сотрудничеству.

Утвержден решением Совета муниципального района Кигинский район Республики Башкортостан (#1-10-5) от 14 июля 2006 года.