Описание флага: Прямоугольное полотнище синего цвета с соотношением ширины к длине 2:3 с вертикальными полосами желтого цвета (шириной по 1/5 длины полотнища каждая) по краям, в центре которого – вверху бегущий конь белого цвета с гривой, хвостом и копытами желтого цвета, внизу – сноп из хлебных колосьев желтого цвета. Обоснование символики: Флаг создан на основе герба района. В основу композиции герба положена идея прославления родной земли, мужество и трудолюбие народа. Современный илишевский район расположен на вотчинных землях башкир родов Киргиз и Елан. За долгую историю, насчитывающую столетия, народ прошел многие испытания: неоднократно поднимал восстания, защищая свои права на свободу и землю, участвовал в войне 1805–1807 и в Крымской кампании 1853–1856 годов, защищал Отечество в войне 1812 года и в Великой Отечественной войне 1941–1945 годов. Илишевцы прославили себя и в ратном, и в мирном труде. Поэтому центральной фигурой герба является серебряный бегущий конь – символ мужества, верности и отваги, любви и преданности к Родине. Издавна илишевская земля славится бескрайними хлебными полями и высокими урожаями, выращиваемыми ее трудолюбивым народом. Именно высокий уровень развития сельского хозяйства определяет сегодняшнее экономическое и социальное благополучие района. Поэтому основным цветом поля герба является золотой, с выпуклым ромбиком лазоревого цвета в середине, символизирующий бескрайние пшеничные поля – основное богатство района и над ними голубое мирное небо. Золотой полновесный сноп из хлебных колосьев это воплощение силы жизни, трудолюбие, стремление к развитию и движение вперед особенно присущие населению района. В знак почитания и сохранения своей истории, культурных традиций в оконечности герба изображены родовые «тамги» башкирских родов Елан и Киргиз (II – два ребра), (Х – ауерна-матушка), потомки которых и ныне живут на этой земле. Утвержден решением Совета муниципального района Илишевский район Республики Башкортостан №10-2 от 14 июля 2006 года.