Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, состоящее из трех вертикальных полос зеленого, белого и зеленого цвета, соотносящихся как 1:3:1, переходящих грядой бегущих вниз геральдических волн; в центре белой полосы – фонтан с пятью струями синего цвета.

Обоснование символики:
Флаг создан на основе герба района.
В самом центре Башкортостана, на исторических землях обитания Табынских и Юрматинских башкир, вдоль берегов красавицы Агидели, на склонах седого Урала расположена земля гафурийцев.
Центральной фигурой герба является лазоревый фонтан, олицетворяющий неповторимую красоту края, его богатство уникальными целебными источниками, сероводородом и лечебными грязями. Редкое сочетание природных факторов, лечебные силы «святых» источников позволили открыть на территории района курорт «Красноусольск» известный далеко за пределами республики.
Лазоревый овал символизирует Белое Озеро – уникальный памятник природы Башкортостана.
Богатство района лесом и плодородие почвы символически изображены в виде зеленых деревьев с золотым орнаментом «кускар».
Зеленый цвет также означает изобилие, радость, покой и мир.
Соединенные тамги Кесе, Кальсер – табынцев и юрматинцев символизируют народную память и почитание своей истории.
Серебряное основное поле герба является символом веры, духовности, благородства, чистоты и искренности, в полной мере свойственных трудолюбивому многонациональному народу района.
Золотой орнамент «кускар» – символ земледелия, скотоводства, которыми гафурийцы занимались издревле и поныне.

Утвержден решением Совета муниципального района Гафурийский район Республики Башкортостан (#9-76з) от 18 июля 2006 года.