Прямоугольное полотнище синего цвета с соотношением ширины к длине 2:3, воспроизводящее композицию герба Чекмагушевского района в синем, белом и желтом цветах.

Обоснование символики:
Флаг создан на основе герба района.
В основе герба идея прославления земледельца.
Прекрасная природа края издавна привлекала людей на чекмагушевскую землю, которые, как свидетельствуют исторические и археологические материалы, проживали с незапамятных времен и занимались скотоводством и земледелием.
Поэтому серебряные плуги являются главными фигурами герба и олицетворяют неугомонный труд земледельца.
На верху раскрыл крылья серебряный жаворонок – символ весенних забот хлебопашца. Весной, когда на полях кипит работа, над головой хлебороба протягивает песенку сизокрылый жаворонок, радуясь, предвидя благодатной волной качающиеся колосья, наливающиеся щедрым урожаем.
Распелся ныне жаворонок рано
Еще ледок не стаял у ворот,
еще в снегу заречная поляна,
а жаворонок – слышите! – поет.
(Р. Гарипов)
Лазоревый цвет поля герба олицетворяет чистоту помыслов, мир и благоденствие, дружбу народов разных национальностей, объединенных в единую дружную семью понятием «чекмагушевцы». Каждый из них – настоящий пахарь и сеятель.
Серебряный цвет – символ совершенства, благородства, чистоты, мира и взаимного сотрудничества.
Золотой цвет на плуге символизирует трудолюбие народа, его оптимизм и стремление к высшим достижениям.

Утвержден решением Совета муниципального района Чекмагушевский район Республики Башкортостан (#91) от 28 июня 2006 года.