Прямоугольное полотнище зеленого цвета с соотношением ширины к длине 2:3, в центре которого правильный шестиугольник желтого цвета, верхняя и нижняя стороны которого параллельны верхней и нижней краям полотнища; в центре шестиугольника идущий к древку медведь красного цвета. К углам шестиугольника, обращенным к боковым сторонам полотнища, примыкают тамги желтого цвета в виде малых отвлеченных стропил, а к серединам верхней и нижней сторон – две другие золотые тамги в виде бьющих в шестиугольник наконечников стрел.

Обоснование символики:
Флаг создан на основе герба района.
В основу композиции герба легли особенности природных условий и исторического развития Бурзянского района.
Район знаменит своими природными сокровищами – уникальными памятниками природы и древней культуры. Это Башкирский государственный природный заповедник и Башкирский заповедник «Шульган-таш». Пещера Шульганташ – Капова – одна из крупнейших карстовых пещер, где сохранились около 30 настенных рисунков эпохи палеолита, имеющих мировое значение. Шульганташ – единственная пещера в Восточной Европе, где хорошо сохранились образцы росписи краской времен каменного века.
Сохраняя в гербе многовековую историю края, центральной фигурой герба использованы тамги башкирских родов Бурзян, Кипчак и Тангаур – символ дани памяти предков, потомки которых с древних времен живут в этом благодатном крае. Стилизованные и соединенные в единую композицию тамги образуют пчелиную соту, которая символически показывает, что всемирно известный вид пчелы – бурзянская бортевая пчела, как вид, сохранилась только здесь. Уникальный пищевой и лекарственный продукт бортеводства и пчеловодства – мед, отображен в гербе в виде наполненного золотом соты.
Среди множества животных, обитающих на территории района, особое место занимает медведь. По существующим поверьям башкир, медведь – это один из священных животных. Медведь в гербе символизирует богатырскую силу народа, высокую духовность, миролюбие, доброту.
Царство животного и растительного мира нашло свое отражение в гербе в виде густого зеленого цвета поля герба и трех стилизованных под башкирский национальный орнамент «кускар» деревьев. Зеленый цвет также символизирует красоту природы уникального бурзянского края, изобилие, плодородие, радость, свободу, покой и мир.
Золотой цвет элементов герба – цвет солнца и меда, является символом трудолюбия, богатства и процветания.

Утвержден решением Совета муниципального района Бурзянский район Республики Башкортостан (#1-10/114) от 11 июля 2006 года.