Прямоугольное полотнище голубого цвета с соотношением ширины к длине 2:3 внизу которого горизонтальная полоса белого цвета шириной 1/10 ширины полотнища, отстоящая от нижнего края полотнища на 1/10 ширины полотнища; в середине – летящий к древку голубь белого цвета, держащий в клюве изогнутую к древку оливковую ветвь желтого цвета с листьями зеленого цвета.

Обоснование символики:
Флаг создан на основе герба района.
Композиция герба отражает название района, его исторические, географические и экономические особенности.
История города Благовещенска и Благовещенского района связана с основанием в 1756 году в ходе разработок месторождений руд Южного Урала медеплавильной фабрики. При строительстве на правом берегу реки Белой медеплавильной фабрики в день христианского праздника Благовещения была заложена одноименная церковь, что и определило впоследствии название поселка Благовещенский, позднее ставшего городом Благовещенском. В ходе развития этого поселка, входившего в состав Уфимского уезда, в 1930 году произошло отделение района с образованием Благовещенского района.
В связи с этим центральным элементом герба является голубь, держащий в золотом клюве оливковую ветвь с зелеными листьями. Он не только отражает историческое прошлое края, но и является символом благой вести, мира и процветания.
Золотое мельничное колесо символизирует сельское хозяйство, которое является одной из ведущих отраслей экономики района. В то же время, мельничное колесо – это жизнеутверждающий символ, олицетворяющий связь поколений, богатство края и его дальнейшее развитие.
По территории Благовещенского района протекают две главные водные артерии Башкортостана – реки Белая и Уфа. Серебряные волны в оконечности герба, символизируя эти реки и их прозрачные воды, одновременно являются символом благородства, откровенности, чистоты и веры.
Лазоревый цвет повторяет один из цветов Государственного флага Республики Башкортостан и выбран в качестве основного цвета поля герба района в знак территориальной принадлежности района к республике и символизирует ясность, добродетель и чистоту помыслов.
Серебро – символизирует благую весть дня Благовещения, рождение нового, чистого и благородного.
Золото – это символ богатства, ценности, прочности и, в дополнение к серебряному цвету, символ веры.

Утвержден решением Совета муниципального района Благовещенский район Республики Башкортостан (#144) от 13 июля 2006 года.