Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, состоящее из пяти вертикальных полос: зеленого, белого, зеленого, белого и зеленого цвета (ширина крайних зеленых полос по 1/4 длины полотнища, белых полос по 1/10 длины полотнища); в центре средней полосы головка хлебного колоса желтого цвета, поверх остьев которой шар синего цвета, обремененный взлетающим жаворонком желтого цвета.

Обоснование символики
Флаг создан на основе герба района.
Проживая в благодатном Благоварском районе, жители с детства впитывают трудолюбие его людей, душевность и искренность, их бескорыстную любовь к родному краю. Все эти чувства, которые долго и бережно хранят благоварцы в своей душе, ярко и образно воплотились в гербе.
В нем отражена история, национальные традиции, природные и иные особенности края, духовное богатство людей, где в районе на протяжении всей истории был и остается житницей республики, здесь живут и трудятся потомственные хлеборобы и земледельцы, чьим трудом славится благоварская земля.
Основное поле Герба зеленое символ изобилия и плодородия, который всегда радует душу и сердце хлебороба. Он олицетворяет красоту земли, весеннее пробуждение природы, ликование и торжество жизни, мир и покой.
Основную часть поля Герба занимает стилизованный хлебный колос.
Хлеб всегда был не только основой экономики района, но и мерилом человеческого достоинства, моральных и нравственных качеств наших людей, их высочайшего хлеборобского мастерства и трудолюбия. Это главное богатство земли благоварской, главная забота и основа их благополучия. Для благоварцев их родной район это непросто административно-территориальная единица, а их малая Родина, где живут в мире, дружбе и согласии люди разных национальностей, объединенные общностью исторической судьбы, национальных, культурных и духовных интересов, обычаев и традиций. Здесь, на этой земле, живут потомки минских племен башкир, предводитель которых Канзафар-бий был инициатором добровольного вхождения Башкирии в состав Российского государства.
Зерна в золотом колосе герба – это символ единения благоварцев в их стремлении к добру и света, к процветанию родной земли.
Поющий жаворонок – одна из самых любимых народом птиц. Прилет жаворонков знаменует приход весны, яркое и теплое свечение Солнца, пробуждение земли, начало самого главного для крестьянина периода весенне-полевых работ.
Символично, что жаворонок до восхода солнца просыпается и летает над полями и лугами до заката солнца. И его звонкая трель радует сердца тех, кто от зари до темна трудится на родной земле.
Не случайно исстари в честь прилета жаворонков люди с 22 марта по 7 апреля пекут булочки в форме птички. Угощают ими детей, соседей, поют песни, прославляя труд земледельца, призывая к благоденствию, прося у природы хорошей погоды, выражая надежду на богатый урожай.
Хлебный колос в изображении герба окаймляют две полосы серебряного цвета – цвета чистой воды, отображающего ясность, добродетель и благородства, чистоту помыслов жителей района. Одновременно это символическое изображение двух рек района – Чермасан и Кармасан.
Герб муниципального района Благоварский район олицетворяет красоту и богатство благоварской земли, мирный, созидательный труд благоварцев, вечное стремление к добру и благу во имя благополучия и процветания нынешнего и будущих поколений.

Утвержден решением Совета муниципального района Благоварский район Республики Башкортостан (#11) от 11 июля 2006 года.