Научно-исследовательский и информационный центр (НИИЦ) БАГСУ был создан в 1993 году с целью координации научно-исследовательской и информационно-аналитической работы структурных подразделений Академии, а также организации и осуществления научных исследований в различных сферах общественно-политической жизни.
НИИЦ занимается изучением состояния государственной и муниципальной службы, политическими и электоральными процессами в Республике Башкортостан и в России в целом, социально-экономическими вопросами региональной политики.
На площадке центра ежегодно проводятся научно-практические конференции, семинары и круглые столы, реализуются научно-образовательные программы, осуществляется общественно-просветительская и экспертная деятельность.
Центр в тесном взаимодействии с другими структурными подразделениями, по заказу органов государственной и муниципальной власти, решает следующие задачи:
 организует мониторинг функционирования государственной и муниципальной службы в Российской Федерации и Республики Башкортостан; совершенствует методологию научных исследований системы государственной и муниципальной службы в контексте исторических, правовых, организационно-управленческих, политических, социальных, экономических, социокультурных аспектов;
 готовит методические рекомендации по использованию новых нормативно-правовых актов по вопросам функционирования и совершенствования государственной гражданской и муниципальной службы;
 развивает взаимодействие с органами государственной и муниципальной власти и управления Республики Башкортостан и Российской Федерации, общественными и коммерческими организациями, в рамках своей компетенции.
НИИЦ активно включается в значимые общественно-политические мероприятия, проводимые в республике. На протяжении нескольких лет работает дискуссионный клуб «Parlamentarium», посредством которого студенты знакомятся с известными политическими деятелями, руководителями федерального, регионального и муниципального уровней публичной власти. Хорошо известен в Республике Башкортостан проект «Лаборатория политического кино», в рамках которого студенты и все желающие могут обсуждать актуальные социально-политические проблемы, которые находят своё проявление в художественной культуре, в частности, в игровом и документальном кинематографе.
Научный центр координируют работу научно-методологических семинаров, которые функционируют в БАГСУ по четырём направлениям. Важным направлением деятельности НИИЦ является поддержка деятельности Совета молодых учёных БАГСУ, помощь в организации мероприятий для обучающихся.
НИИЦ осуществляет научно-организационное сопровождение повышения цитируемости сотрудников Академии в базах данных РИНЦ, Scopus, Web of Science.
Центр имеет опыт сотрудничества с зарубежными академическими институтами и учебными центрами, участвует в научно-практических конференциях, семинарах, стажировках, а также совместных проектах и программах.
В разные годы в Центре трудились талантливые учёные-исследователи. Результаты их научных изысканий публикуются в России и за рубежом. Своей деятельностью НИИЦ способствует интеграции БАГСУ в региональное и общероссийское научное сообщество и утверждению Академии как заметного научного и информационно-аналитического центра по вопросам политико-государственного управления, проблемам политического и социально-экономического развития регионов страны, различным аспектам государственной и муниципальной службы.