Прямоугольное полотнище зеленого цвета с соотношением ширины к длине 2:3, в центре которого фигура из герба Белокатайского района – опрокинутая дуга зеленого цвета, окантованная желтым цветом, из которой выходит обращенная к древку голова лося белого цвета с рогами желтого цвета.

Обоснование символики:
Флаг создан на основе герба района.
В основу композиции герба легли исторические, географические, природные особенности Белокатайского района.
Башкирский род бала-катайцев, в переводе – младших катайцев, исконно проживавших на этих землях, дал название району – Белокатайский.
Поэтому в центре герба расположена золотая тамга этого рода, символизирующая уважение к историческому прошлому, к священной земле наших отцов и дедов.
В 18 веке на белокатайской земле обосновались русские крестьяне-переселенцы. С этого времени более двух веков живут рука об руку в дружбе и согласии башкиры и русские, объединенные общей судьбой, общим трудом.
Тотемным животным башкирского рода бала-катай являлся «мышы» – лось, выступающий покровителем рода, спасающий людей, попавших в беду, считавшийся символом благополучия. Поэтому к тамге примыкает голова лося. Лось на протяжении столетий остается могучим, выносливым, благородным животным, являющимся геральдическим символом храбрости, силы, стойкости. Его серебряный цвет олицетворяет благородство, откровенность, искренность.
Рога лося – золотого цвета, по преданию, «несущий на рогах солнце» – подчеркивают стремление к динамичному развитию, самостоятельности и росту благосостояния населения.
Богат и разнообразен животный мир района. В лесах обитает более десяти видов животного мира, в том числе занесенные в Красную Книгу Республики Башкортостан норка европейская, выдра, хорь лесной, куропатка серая. Природное богатство отражено в гербе полем зеленого цвета и расположенными в оконечности герба стилизованными соснами серебряного цвета. Одновременно зеленый цвет- это цвет жизни, изобилия, плодородия, покоя и мира.
Серебряный цвет в гербе символизирует веру, чистоту, искренность и благородство.

Утвержден решением Совета муниципального района Белокатайский район Республики Башкортостан (#134) от 10 июля 2006 года.