Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух горизонтальных полос: верхней зеленого цвета шириной 3/4 ширины полотнища и нижней красного цвета; в центре зеленой полосы скачущий конь белого цвета с гривой, хвостом и копытами желтого цвета.

Обоснование символики:
Флаг создан на основе герба района.
Композиция герба отражает исторические, географические, социально-экономические, культурные и национальные особенности и традиции.
Район расположен на уникальной по красоте и природно-климатическим условиям Бугульминско-Белебеевской возвышенности, где берут начало множество рек, питающих великую русскую реку Волгу. Поэтому поле герба зеленого цвета. Зеленый цвет также символизирует изобилие, плодородие и мир.
В верхней части поля расположен скачущий серебряный конь. В геральдике образ коня наделен многими положительными свойствами: храбростью льва, зоркостью орла, силой волка, быстротой оленя, ловкостью лисицы. Серебряная лошадь является солнечным символом жизни и света, символизирующей трудолюбие, мужество, силу, воинскую доблесть и славу.
Скачущая лошадь – символ непрерывного, динамичного развития района.
Кони служили людям и в ратном деле, и в мирной жизни. Белебеевская земля богата ковыльными степями, на которых пасутся табуны кобылиц, дающих целебное молоко для производства кумыса, дарящего богатырскую силу и здоровье. Традиция кумысоделия сохранена и ныне: район славится своими кумысолечебницами.
В нижней части герба в красном поле расположены два серебряных, отделанных золотом, колчана с серебряными стрелами, положенные накрест – элемент герба города Белебея, центра муниципального района. Красный цвет символизирует любовь, мужество, смелость.

Утвержден решением Совета муниципального района Белебеевский район Республики Башкортостан (#214) от 24 ноября 2006 года.