Прямоугольное полотнище синего цвета с соотношением ширины к длине 2:3, с вертикальными полосами красного цвета (каждая шириной 1/5 длины полотнища) по краям, в центре которого вверху – цветок с серединой белого цвета и заостренными лепестками желтого цвета, внизу – чаша желтого цвета, из которой веерообразно выходят семь колосьев желтого цвета.

Обоснование символики:
Флаг создан на основе герба района.
Герб символизирует исторические, духовно-культурные, национальные и другие местные традиции и особенности Балтачевского района.
Основными фигурами герба являются солярный круг «солнце» и чаша с колосьями, символизирующие изобилие, богатство, а также то, что основным занятием и основой благополучия жителей является земледелие.
Семь хлебных колосьев в гербе символизируют единение семи родов, положивших начало объединению народов Республики Башкортостан.
Красный цвет – символ мужества, самоотверженности, жизнеутверждающей силы. Этот цвет символизирует также богатое историческое прошлое района, мужество№балтачевцев и их любовь к свободе. На территории района происходили судьбоносные сражения войска мужественного сына, национального героя башкирского народа Салавата Юлаева. На балтачевской земле родился Батырша (Г. Галиев) – вдохновитель и организатор восстания башкирского края 1755 года, автор трактата о Башкирии первой половины 18 века. В годы Великой отечественной войны балтачевцы проявили героизм на фронтах и в трудовом тыле.
Золотое солнце с серебряной середины олицетворяет вечность, весеннее обновление природы и торжество жизни.
Белый цвет означает миролюбие, открытость, готовность к взаимному сотрудничеству, чистоту помыслов.
Золото – символ высшей ценности, величия, богатства, изобилия.
Серебро – символ веры, духовности, чистоты, искренности, чистосердечности, благородства, так свойственных балтачевцам.

Утвержден решением Совета муниципального района Балтачевский район Республики Башкортостан (#10/115) от 17 июля 2006 года.