Прямоугольное полотнище с соотношением ширины к длине 2:3, состоящее из двух горизонтальных полос: верхней зеленого цвета шириной 4/5 ширины полотнища и нижней белого цвета; в центре зеленой полосы идущий к древку конь белого цвета с глазами, гривой, хвостом и копытами желтого цвета.

Обоснование символики
Флаг создан на основе герба района.
В гербе основной фигурой является серебряный конь – выносливое и благородное животное, издревле почитаемое башкирским народом и символизирующее собой верность, терпение и мудрость.
Легенда «Абзелил» гласит, что когда-то кони обитали на дне озера. Как-то хозяин озера поспорил с молодым джигитом по имени Абзелил, кто быстрее с конем пробежит вокруг озера. Хозяин озера побежал, взвалив коня на плечи, а смекалистый джигит сел на своего коня верхом и, легко обогнув озеро, выиграл спор. Хозяин озера признал свое поражение и отдал Абзелилу коня в награду за его находчивость, силу и ловкость. Чудесного аргамака описывают так: «Не конь, а сокровище: копыта точеные, грива золоченая, грудь орлиная, спина щучья, уши торчком, глаза с медным отливом, скулы узкие, подбородок острый. Красавец из красавцев – белый Тулпар!» И с того момента, гласит легенда, повелось: на абзелиловской земле разводят самых резвых, самых лучших скакунов, а абзелиловские джигиты отличаются своей смекалкой и храбростью, их слава гремит во всех близких и дальних краях.
Абзелиловский район – это край высоких хребтов Уральских гор: Ирендыка и Крыктытау, многочисленных озер и рек, равнин и степей. Поэтому на фоне серебряного неба и зеленой оконечности герба – широкий пояс из трех зеленых вершин, окаймленных золотом. Зеленое поле гор украшено золотыми вертикальными пунктирными линиями, олицетворяющими богатства края – лес, полезные ископаемые.
Предгорная степная зона изобилует реками и озерами, многие из которых являются уникальными памятниками природы. Среди них особое место занимает озеро Яктыкуль. Поэтому в оконечности герба серебряным цветом изображено озеро.
Серебряный цвет – это цвет небосвода и воды, символ надежды, духовности, нравственности и открытости.
Зеленый цвет символизирует изобилие, плодородие, радость, свободу, покой и мир. Зеленый цвет также означает, что большая часть территории района занята лесами. По наличию ценных пород деревьев, в том числе лиственницы, а также реликтовых растений, занесенных в Красную книгу Республики Башкортостан, район занимает в республике первое место.
Золотой цвет символизирует процветание, самостоятельность и богатство края.

Утвержден решением Совета муниципального района Абзелиловский район Республики Башкортостан (#100) от 12 июля 2006 года.